少林派在金庸江湖是一個無法回避的大門派，傳承千年之久，幾乎每一部作品中都有少林弟子的身影，都有著極大的影響力。然而在射雕和神雕時代，江湖上卻少有少林弟子走動。也就只有神雕時代提過一個無色禪師的名字。金庸在射雕三部曲最后一部《倚天屠龍記》中對此作出了解釋，那就是火工頭陀事件導致了少林派人才斷層嚴重，從而封寺近百年。
少林的武學傳承是金庸江湖眾多門派中最為完整的，從最早的天龍時代就有少林七十二絕技之說，到了最晚的《鹿鼎記》時期，少林的七十二絕技基本上都在。武學傳承沒有斷絕，又并非收不到徒弟，少林為何不憑借著七十二絕技再次崛起？
在倚天屠龍記開頭，曾借著何足道挑戰少林之機說出了少林人才凋零的原因，那就是火工頭陀事件。當年的火工頭陀原本只是少林的一名普通香積廚僧人，用現代話來說就是一名廚房的幫廚，或者說是打雜的。管廚房的僧人頭頭脾氣暴虐，動輒打罵，火工頭陀三年被打得吐血三次。
火工頭陀也是一位極擅長隱忍之人，他暗中偷學武僧們練武，幾十年下來練成了一身強橫的外家功夫。最終自認武功大成的火工頭陀在少林一年一度的寺內大比中悍然出手，打傷了9名羅漢堂武僧。達摩堂首座苦智禪師原本已經制服了火工頭陀，卻出于憐憫之心沒有傷他，結果被火工頭陀偷襲反擊打得重傷而死。此后火工頭陀又上門將與他有積怨的幾人全部清除。
為給火工頭陀事件收尾，結果導致少林起了內訌，從而導致少林實力嚴重下滑，不得已之下作出了封山百年的決定，直到倚天正式劇情開啟后才重新現身江湖。
少林在倚天時代重新崛起，靠得極有可能是無色禪師記下的本部分九陽神功改編而成的少林九陽功，而非是少林七十二絕技。少林派沒有憑借七十二絕技從火工頭陀事件上翻身，根源應該是出在少林派自己身上。
真正能體現出少林派自身出問題的事件，就是倚天開局時覺遠大師和少年張三豐被逼得一個身死，一個離開少林，幾十年后開創了武當派。
崑崙三圣何足道受良心發現的尹克西的委托，不遠萬里從西域趕到少林，只為傳回一個「經在油中」的遺言。不料卻和不服何足道名號的西域少林三名弟子潘天耕、方天勞和衛天望對上，雙方約在少林一決高下。這三人是西域少林天字輩僧人，和嵩山少林派的方丈天鳴禪師一個輩分。三人的武功完全不在天鳴禪師之下，然而卻被何足道輕松擊敗。何足道顯示了一份劃石為棋盤的功夫，包括心禪七老在內的眾高僧無人能做到，逼得少林差點就要開口認輸。
覺遠禪師練成了九陽神功，內功之深厚遠較何足道為高，輕松抹掉了何足道劃下的棋局，逼得何足道此局認輸。然而覺遠禪師卻不會招式，此時還叫張君寶的少年張三豐出手，與何足道定下的十招之約，并最終勝出。然而作為少林功臣的張三豐師徒卻成為了少林的眼中釘，原因只是因為少林在火工頭陀事件后定下的那個不近人情的規矩： 凡是不得師授而自行偷學武功，發現后重則處死，輕則挑斷全身筋脈，使之成為廢人。
這樣苛刻不近人情的寺規，頗有點像是蠻橫之人解決問題的思路：我解決不了問題，那就解決提出問題的人，如此問題自然就沒了。
這樣的管理思路，充分證明了一個事實：少林此時的管理模式出現了嚴重的問題，思維僵化，矛盾眾多，變化不足。這也是為何火工頭陀事件后，原本應該是有道僧的少林管理層會大起爭執，互責互咎，從而起了內訌，導致羅漢堂首座苦慧禪師遠走西域，創立了西域少林。
少林禁止隨便學武的禁令一出，再加上少林管理層的僵化，從而導致少林派在習武一事上暮氣沉沉，不知變通，寺內氣氛壓抑，習武環境惡劣。這樣產生的最嚴重后果是什麼？那就是缺少交流，因本自封，只能因循守舊，自己摸索。
少林本身的武功體系也決定了，他們的武功是一脈相承的，想要修煉到一定境界，與武當、全真等派功夫一樣，都需要大量的時間來積累。這點《鹿鼎記》中韋小寶的老師侄澄觀大師的話也可以間接給出證據：
澄觀見韋小寶什麼拳法都不會，也不生氣，說道：「咱們少林派武功循序漸進，入門之后先學少林長拳，熟習之后，再學羅漢拳，然后學伏虎拳，內功外功有相當根底了，可以學韋陀掌。如果不學韋陀掌，那麼學大慈大悲千手式也可以……」韋小寶口唇一動，便想說：「這大慈大悲千手式我倒會。」
諸般武學一路循序漸進地練下去，等到了將七十二絕技中一門或數門練成，一般都到了五六十歲以上了。
天龍時代的掃地僧曾對慕容博和蕭遠山說過，每一門七十二絕技修煉時都會產生戾氣，必須要與對應的佛法來化解，一味地貪多貪快是沒有好處的。然而這番話可能是少林眾高僧壓根沒有聽進去，并沒有注重佛法的參悟。
這也是為何一直到倚天時代，少林高僧給人的感覺都有些像純粹的武林人多過出家修行之人。像倚天時代的空聞、空智等人。
本身少林的七十二絕技就極難修煉，少林自身的管理又出了問題，導致在修煉武功時，只能純粹地師父教徒弟，武學缺少了交流，缺少了互相啟發，必然會進步緩慢。直到少林九陽功的出現，初步解決了修煉產生的戾氣問題，少林才在倚天時代又重新崛起。
