第二次華山論劍，在《射雕英雄傳》末尾時舉行，這次論劍，最大的亮點是郭靖和黃藥師的對戰。當時，郭靖是后起之秀，武功也尚未大成，但是他和黃藥師打了300招，并沒輸，黃藥師也談不上贏，但是，即便如此，大家還是普遍覺得，黃藥師的實力比郭靖更強，這是為什麼呢？

二論之時，洪七公與歐陽鋒先打了一場，歐陽鋒本來神志不清，打著打著就跑了。接著應該黃藥師與洪七公對決，但是洪七公剛剛打完，體力有一定的耗損，一向自負的黃藥師，不想占洪七公便宜。

于是，聰明的黃蓉想出一個辦法，就是讓洪七公和黃藥師分別與郭靖打，擊敗郭靖的招數少者即可勝出，如果300招沒打敗郭靖，郭靖就是第一。

黃藥師與郭靖先戰。最初，黃藥師有點小瞧了郭靖，沒出全力，只出了七分勁力，竟被郭靖打得落了下風，頓時，黃藥師不敢懈怠，趕緊使出了落英神劍掌。可是，郭靖已經不是曾經的傻小子了，武功已經小有所成，黃藥師與他打了100多招，都未能占上風，黃藥師大急，靠使詐才勉強扳成平局。

足見，當時的郭靖武功已經與五絕級別相差無幾，如果黃藥師不使詐，稍有疏忽，很有可能會輸給郭靖。

二人交手，在快要接近300招時，郭靖對黃藥師多變的招數，顯然有些應接不暇，甚至難以抵擋，黃藥師出招越拉越快，郭靖也越來越難應對，只靠著硬扛才挺下來，就在快要撐不住的當口，300招到了。

可以說，這一場較量，只能說，郭靖對戰黃藥師的極限也就是撐足300招，而且郭靖自己也說，如果再打下去，他一定會摔倒。很顯然，郭靖當時還不是黃藥師的對手。

射雕末尾時，黃藥師的武功已達巔峰，且年事已高，而郭靖正當青春年華，武功還是在爬坡的階段，到了《神雕俠侶》末尾，郭靖的武功才算是到了巔峰，那時的黃藥師，顯然已經不是郭靖的對手了，但郭靖想打贏黃藥師，也是不可能的。

不過話說回來，黃藥師確實是雙雕時代，很難超越的高手，他三次華山論劍，次次到場，次次都是五絕。而且他的才華體現在方方面面，能文能武，軍事天文地理無所不通，自創武學，鮮有敗績，可以說，整個雙雕時代，能夠打贏黃藥師的人幾乎不存在。