《神雕俠侶》之后，郭靖、黃蓉戰死襄陽：師父頓了一頓，接著道：「襄陽城破之日，郭大俠夫婦與郭公破虜同時殉難，屠龍刀不知下落……」楊過、小龍女隱居終南山古墓：這時丘處機逝世已久，小龍女也已嫁與神雕大俠楊過為妻，同隱終南山古墓。郭襄出家當了尼姑，張三豐隱居武當做了道士，連載版記錄黃藥師因傷感妻子早亡，遂與陪葬的花船一起失蹤。

那麼南帝一燈大師為何消失了呢？其實關于一燈大師的結局，金庸先生早就給出了暗示，他最后和《神雕俠侶》天下第一高手死在了一起，有些朋友可能會問：《神雕》第一高手是誰呢？有兩個人物有機會成為《神雕》中的「天下第一」，至于郭靖，因為他十六年來忙于襄陽軍務，武功遂耽擱了，因此我認為他無緣第一。

第一位是楊過。《神雕俠侶》楊過曾在終南山上學了全真教武功、古墓派《玉女心經》、《九陰真經》心法，且經過歐陽鋒、洪七公、黃藥師等人的指點，又習得「蛤蟆功」、「逆轉經脈」、「彈指神通」、「玉簫劍法」、「打狗棒法」等絕技，劍冢一行，又得到神雕的栽培，習得獨孤求敗重劍之術與修煉內功的法門，小說結尾，他內外兼修，漸臻入神坐照之境，自創「黯然銷魂掌」則自成一家，黃藥師評價當世唯有郭靖的「降龍十八掌」能夠與之抗衡。

襄陽一戰，楊過以獨門絕技打敗金輪法王，自此許多朋友便推舉他為《神雕俠侶》第一高手。

第二位是周伯通。老頑童周伯通集全真武功精華與《九陰真經》之所長，并通過自身的悟性，創造了空明拳與「左右互搏術」，百花谷一戰，看似他與楊過斗了個旗鼓相當，但實際上楊過輸了，為何？舉個例子，

在現實中一個三十六歲的男人與九十多歲的老頭打成平手，你說誰厲害一些？當然是九十歲的老頭，為何？因為他年齡大，體力、精力遠不足壯年男子，所以他的技巧當然高于壯年男子。

同理，36歲的楊過與九十多歲的周伯通打成平手，言外之意便是楊過武功技巧是不如周伯通的。所以在我看來，《神雕俠侶》真正的天下第一高手非是旁人，乃老頑童周伯通是也，這也是眾人推舉他為「中頑童」的原因。那麼一燈大師最后當真與周伯通死在一起嗎？據小說暗示來看，的確如此。

第一：襄陽大戰前，一燈大師、周伯通、瑛姑隱居百花谷，襄陽大戰后，三人肯定會選擇回到這里養老。

第二：連載版中有這樣一段話：

周芷若道：「……尊師曾經聽過郭襄祖師談過，周伯通仍舊是頑皮率真，最后他和瑛姑一泯前嫌，隱居在幽深靜美的百花谷處，歲終而亡。

」

一燈大師、周伯通、瑛姑隱居百花谷，三人中有兩個死在了這里，一燈大師應該也不會是例外。所以結合書中暗示來看，一燈大師最后與《神雕俠侶》第一高手周伯通一同死在了百花谷，這便是他神秘消失的原因。